各样品菌群的多样性分析和聚类分析

草鱼、水体和底泥各样品DGGE条带分析显示，2组草鱼肠道样品的物种丰富度均不低于10，水体样品的物种丰富度较高（21），而底泥样品丰富度最低。Shannon指数H’显示，最高值为水体样品，而2组草鱼的肠道样品高于2.28（表2）。

基于各样品的DGGE指纹图谱，根据各泳道条带丰富度计算Dice相似性系数，对草鱼肠道、水体和底泥样品进行UPGMA分析后，结果显示草鱼的肠道内容物样品聚为一支，而草鱼肠道黏膜样品聚为一支（图1B）。

PCA主成分分析结果也显示了大个体草鱼和小个体草鱼的肠道内容物样品聚在一起，2组草鱼的肠道黏膜样品聚在一起，说明草鱼肠道黏膜和内容物菌群组成有一定的差异性。此外，PCA主成分分析结果又显示草鱼肠道样品各聚在一起，且都与环境样品（底泥和水体）区分开，表明2组草鱼的肠道微生物组成差异性可能是由底泥和水体环境之外的因素造成的（图1C）。